1217
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Der früheste Beleg für eine Kirche oder Kapelle auf der Schelfe findet sich in einer Urkunde, die einen Priester von St. Nikolai nennt.
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1228
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wird von der Stiftung einer Kirche durch Graf Heinrich I. von Schwerin auf der Schelfe berichtet. Diese spätromanische Kirche könnte zwischen 1230-1250 erbaut worden sein.
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14. Jh.
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Die Befunde einer Bauuntersuchung ergeben Hinweise auf den Bau einer gotischen Saalkirche mit polygonalem Chorschluss zwischen 1300 und 1320.
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17. Jh.
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Die St. Nikolaikirche wird als Filialkirche des Doms betrieben.
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1621
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ein neuer Turm wird erbaut.
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1626
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müssen Turm und Kirchendach repariert werden, weil ein Sturm Teile des Glockenturms auf das Dach hat stürzen lassen.
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1670
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muss eine zersprungene Glocke, der Glockenstuhl und das Dach der Kirche erneuert werden. Kurz zuvor ist schon der Turm repariert worden, so dass Herzog Christian Ludwig I. eine Sammlung zur Aufbringung der Gelder anordnet.
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1703
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Am 8. Dezember lässt ein Orkan den Turmhelm auf die Kirche stürzen und beschädigt sie schwer.
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1705
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wird darum im Zuge der Umsetzung der Verordnung Herzog Friedrich Wilhelms, die Schelfe zur Stadt auszubauen, der Neubau einer Kirche beschlossen.
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1708
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Am 15. Mai erfolgt die Grundsteinlegung für den Neubau der St. Nikolai-Kirche nach Plänen des Ingenieurkapitän Jacob Reutz. Der Plan sieht einen barocken Zentralbau mit kreuzförmigem Grundriss und westlich angebautem Turm vor. Der Chor wird auf den Grundmauern des Vorgängerbaus errichtet.
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1710
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Nach Fertigstellung des Rohbaus stirbt Reutz. Der Baumeister und Architekturtheoretiker Leonhard Christoph Sturm wird mit dem Weiterbau beauftragt. Er plant einen gänzlich anderen Innenausbau.
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1713
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Am 24. September erfolgt die Weihe der barocken Kirche. Sie ist der erste bedeutende Kirchenneubau nach der Reformation in Mecklenburg.
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1714
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Am 13. März wird Herzog Friedrich Wilhelm in der Gruft unter dem Altar beigesetzt. Er war am 31. Juli 1713 vor Fertigstellung der Kirche gestorben.
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Bis 1813
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diente die Schelfkirche als Grablege des mecklenburgischen Fürstenhauses.
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