In der Altstadt liegt die hochgotische Backstein-Basilika St. Nikolai. In der Zeit von 1270-1350 wurde sie nach dem Vorbild französischer Kathedralen parallel zur Lübecker Marienkirche errichtet. Mit dem Aufstieg Stralsunds zur mächtigsten Stadt im „Wendischen Quartier“ der Hanse wird die Ratskirche ausgesprochen reich und gediegen mit 56 Altären ausgestattet. Der größte Teil der Altäre wurde mit der Reformation 1525 aus der Kirche entfernt. Trotz großer Verluste ist die Kirche mit dem auf unsere Zeit überkommenen Inventar eine der reichsten Nordeuropas.

Neben den Schnitzaltären sind hier vor allem der barocke Trennaltar nach dem Entwurf von Andreas Schlüter, die monumentale Stuckplastik der „Anna Selbdritt“ aus dem 13. Jahrhundert, die Relieftafeln vom Gestühl der Rigafahrer (um 1400) und die astronomische Uhr von 1394 zu nennen. Seit 1980 wird die Kirche im Inneren restauriert. In der Architekturfarbigkeit ist die erste einheitliche Fassung von 1350 wiederhergestellt. Erfolgreich konnte zwischen 2003 und 2006 durch die Orgelbaufirmen Wegscheider (Dresden) und Klais (Bonn) die wertvolle romantische Orgel des Berliner Orgelbauers Carl August Buchholz von 1841 wiederhergestellt werden. Sie ist das größte noch existierende Werk dieser bedeutenden Orgelwerkstatt in Deutschland.

Hinweis: Die Kirche St. Nikolai ist gegen einen Erhaltungsbeitrag von 3 Euro zu besichtigen. Fotoerlaubnis und Führungen sind frei.

Im Stadtteil Knieper West leben heute ca. 12.000 Einwohner. Hier konnte nach zähem Ringen mit den politischen Machthabern am 16. Oktober 1977 das Gemeindezentrum Knieper West eingeweiht werden. Es ist der erste Bau eines Gemeindezentrums in einem Neubaugebiet in der damaligen DDR. Der Kirchsaal wird geprägt von den farbigen Betonglasfenstern, einem mittelalterlichen Kruzifix und den biblischen Szenen der handgewebten Antependien. Neben seiner Nutzung als Treffpunkt für alle Generationen entwickelt sich das Zentrum heute verstärkt zu einer Kinder- und Jugendkirche für die Gemeinde St. Nikolai.

Im Stadtteil Knieper Nord konnte im Jahr 1964 mit Hilfe der evangelischen Kirche Schwedens in Holzbauweise ein weiteres Gemeindezentrum errichtet werden. Neben verschiedenen kirchlichen Veranstaltungen findet man sich hier bis heute zu den sonntäglichen Gottesdiensten ein. Der Gemeindekirchenrat gab dem Gemeindezentrum den Namen "Bonhoeffer-Haus" zur Erinnerung an den Pfarrer und Widerstandskämpfer Dietrich Bonhoeffer, den die Nazis noch im April 1945 im KZ ermordeten.